加速发现基因组学与一个统一的分析平台bob体育亚洲版bob体育客户端下载
2018年6月6日 在公司博客上
今天我们要介绍一种砖统一为基因组学分析平台。bob体育亚洲版bob体育客户端下载与一个统一的基因组数据处理平台bob体育客户端下载,第三分析和机器学习在大规模,卫生保健和生命科学组织可以加速的发现生活的变化在个性化治疗和进一步发展和预防保健。
基因组数据爆炸
第一个人类基因组序列花了13年,超过25亿美元。今天,一个人类基因组测序在几天不到最新的iPhone的价格。因此,医药卫生组织成千上万的病人的基因组分析,生成成千上万的pb的数据。从另一个角度看,基因组测序将产生2025年每年40艾字节的数据。这将矮由Youtube和Twitter的数据量的总和。
当配合临床数据,基因组数据提供了巨大的潜力来加速药物发现,预测疾病风险,和个性化治疗。这将使医疗服务提供者能够明显改善患者的结果。
现代基因技术挑战的工作流
可能影响护理从来没有更大的。然而,基因组研究的工具和系统依赖于速度,不能提供所需的规模和灵活性画洞察力从这些庞大的基因组数据集。这些挑战分为三个关键领域:
- 混乱的序列数据和复杂的管道基因组管道处理混乱的pb的数据DNA定序器通常是由5 - 10的工具(例如,GATK、BWA等)40缝合的阶段。建立和维护这些复杂的管道是昂贵,耗时,并导致不必要的延误在下游分析。
- 过时的分析工具-今天的许多基因组学工具使用命令行程序建立单一节点的机器。他们不是为云设计并试图运行它们非常具有挑战性和添加多个处理步骤。此外,生物信息学工具通常具有复杂的依赖关系,导致用户包成单片集装箱码头工人,通过工作流管理系统的部署。这使开发和部署管道劳动密集型和时间消耗,并使扩展分析当前数据量不可行。一套基本的查询执行可能需要数天或数周。和高级分析cross-cohort关节变量调用和机器学习是不可能的。
- 孤立的研究团队,无论你是开发一种新的药物或处方个性化的治疗,不同的团队必须共同努力的过程,分析和解释从基因组和临床数据。bioinformaticians今天的工具的杂乱的自然力量,计算生物学家和临床医生在筒仓工作,进一步阻碍了发现过程。
在砖,我们看到这些问题体现在组织健康生态系统从制药公司卫生保健提供者到生物技术创业公司。基于这些经验,我们一直在寻找方法从根本上简化基因组分析和规模。简而言之,如果我们可以使团队探索今天最大的基因组数据集使用前沿分析和机器学习没有任何的等待时间?这正是我们着手解决。
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砖统一基因提供了速度和规模生物bob体育亚洲版信息分析平台团队需要bob体育客户端下载解锁的见解埋在他们的基因组数据。我们扩展现有能力的砖与genomic-specific工具包和优化统一的分析平台,实现三个具体目标:bob体育亚洲版bob体育客户端下载
- 简化基因组管道,管道预制的最佳实践提供了开箱即用的准备在托管的云计算平台。bob体育客户端下载代替手动配置复杂的管道,只需几次点击提供云资源,连接到读、变异和功能数据在Azure或AWS和开球批量处理工作。
- 交互式高等分析和人工智能在规模预打包的基因组analytics-such作为联合变量调用,GWAS PheWas eQTL-and机器学习框架提供了一个统一的平台。bob体育客户端下载基因组并行查询优化的运行速度60 - 100 x速度比开源工具你可以交互式地探索大规模基因组数据。bob下载地址
- 在整合团队,提高了生产率共享工作区和详细修改跟踪培养跨发现和诊断生命周期的协作。支持SQL, R, Python、Java和Scala支持生物信息学团队和数据科学家探索数据与他们最喜欢的脚本语言,而交互式仪表板可以使业务用户更容易部署,临床医生和研究人员审查结果。
所有这些功能都是建立在一个Apache火花TM优化引擎,提高基因组的性能任务100 x。统一这些功能在一个单一的平台我们使卫生保健和生命科学组织,以充分利用其基因组数据减少对bob体育客户端下载精密保健药物开发时间表和交付计划。
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结论
虽然基因组数据已成为广泛使用在过去的十年里,加工和下游分析需要把这些大规模数据集到改变生活的洞察力已经成为新的瓶颈。砖的统一为基因组学分析平台,我们已经取得bob体育亚洲版了重大的飞跃在应对这些挑战。bob体育客户端下载相反应对复杂的管道和减少的范围研究由于刚性工具,卫生保健和生命科学组织现在可以加速关键的发现与一个单一的、协作的基因组数据处理平台,叔在大规模分析和人工智能。bob体育客户端下载