renv在砖

安装renv

你可以安装renv作为一个集群级图书馆或作为一个notebook-scoped图书馆。安装renvnotebook-scoped库,使用:

需要(devtools)install_version(包=“renv”,回购=“http://cran.us.r-project.org”)

砖建议使用一个凹口快照库修复包版本。

初始化renv会话与预装R库

当使用的第一步renv初始化会话使用吗renv: init ()。集libPaths改变默认的下载位置是你的R notebook-scoped库路径。

renv::初始化(设置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths())

使用renv安装额外的包

您现在可以使用renvR的API来安装和删除包。例如,安装最新版本的消化运行以下的笔记本电池。

renv::安装(“消化”)

安装一个旧版本的消化运行以下的笔记本电池。

renv::安装(“digest@0.6.18”)

安装消化从GitHub,运行以下的笔记本电池。

renv::安装(“eddelbuettel /消化”)

从Bioconductor安装包,运行以下笔记本电池的内部。

#(注:需要BiocManager包)renv::安装(“bioc:: Biobase”)

请注意,renv:安装API使用renv缓存。

使用renv保存您的R笔记本的DBFS环境

运行以下命令在拯救环境。

renv::设置美元snapshot.type(“所有”)

这集renv安装到快照所有包libPaths,而不只是那些目前正在使用的笔记本。看到renv文档为更多的信息。

现在,您可以运行下面的笔记本电池内部保存环境的当前状态。

renv::快照(lockfile=“/ dbfs /路径/ / /你/想要/ /保存/ renv.lock”,力=真正的)

这个更新lockfile通过捕获上安装的所有包libPaths。还你的移动lockfile从本地文件系统DBFS,它依然存在,即使你的集群终止或重新启动。

重新安装一个renv环境了lockfile从DBFS

首先,确保你的新集群运行一个完全相同的砖作为你第一个创造了运行时版本renv环境。这确保了预装R包是相同的。你可以找到这些在每个运行时的列表发布说明。在你安装renv运行以下的笔记本电池。

renv::初始化(设置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths()))renv::恢复(lockfile=“/ dbfs /路径/ / /你/保存/ renv.lock”,排除=c(“Rserve”,“SparkR”))

这张你lockfile从DBFS到本地文件系统,然后恢复任何包中指定lockfile。