砖7.4运行时的基因组学(不支持)

砖在2020年11月发布了这张照片。

砖7.4运行时的基因组学是一个版本的砖运行时的7.4(不支持)针对处理基因组和生物医学数据进行了优化。它是一个组件的砖统一为基因组学分析平台。bob体育亚洲版bob体育客户端下载

重要的

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砖基因组学的运行时已被弃用。开源的等bob下载地址价物,看到回购genomics-pipelines发光。生物信息学库是运行时的一部分被释放集装箱码头工人,可从ProjectGlow Dockerhub页面。

关于砖运行时弃用策略的更多信息和时间表,看看砖运行时版本和支持计划的支持

更多信息,包括指令创建砖基因集群,运行时看到的基因组学导游。关于开发基因组学应用程序的更多信息,请参阅基因组学导游

新功能

砖7.4运行时的基因组学是建立在砖7.4运行时。有什么新信息的砖7.4运行时,看到的砖运行时的7.4(不支持)发行说明。

GloWGR为二进制特征

GloWGR现在可以适应全基因组二进制特征的回归模型。

逻辑回归函数接受补偿参数

logistic_regression_gwas函数现在接受一个抵消参数。这个参数是相当于固定系数的特性1。似然比检验和弗斯惩罚似然比检验尊重这个参数。的输出GloWGR应该作为一个传递抵消

冰雹的支持

砖7.4运行时的基因组学的第一个版本7。x线包的支持冰雹

改进

GloWGR便利的函数

RidgeRegressionLogisticRegression现在在GloWGR提供transform_loco函数生成leave-one-chomosome-out(火车头)预测。此外,GloWGR现在包括一个reshape_for_gwas函数重塑从GloWGR预测到的一种形式协会测试在发光可以接受。

GloWGR可用性改进

现在GloWGR定量和二进制特征提供了更好的性能和更清晰的错误消息的验证失败。

更快的VCF读者

砖7.4运行时的基因组包含一个实验快VCF读者。你可以激活新读者通过设置火花配置io.projectglow.vcf.fastReaderEnabled真正的在笔记本或集群配置。

下面列表中包含的库砖7.4运行时的基因组学不同于那些包含在砖7.4运行时。

升级库

  • 冰雹:0.2.40 0.2.58

包装库

图书馆

版本

亚当

0.32.0

GATK

4.1.4.1

冰雹

0.2.58

Hadoop-bam

7.9.2

samtools

1.9

VEP

96年